Grid computing : premières réalisations liées au Décrypthon
Le programme accouche de deux projets de recherche en génomique et protéomique, en s’appuyant sur des supercalculateurs.
Le Décrypthon a été lancé en mars 2005 par l’AFM (association française contre les myopathies), le CNRS et IBM. Aux côtés des quatre universités adhérentes à ce programme (Bordeaux, Lille, Jussieu et Orsay) – aujourd’hui rejointes par l’Ecole normale supérieure de Lyon et le Centre de ressources du Crihan à Rouen, les trois partenaires fondateurs présentent les premières évolutions de ce programme, qui a pour objectif d’accélérer la recherche en génomique (1) et protéomique (2) grâce aux technologies de grid computing ou de grilles de calcul (voir dossier spécial). La restitution des premiers éléments a lieu aux JOBIM 2006 (pour « journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques), conférence qui se tient du 5 au 7 juillet à Bordeaux.
Le programme Décrypthon repose sur une plate-forme technologique, qui s’appuie sur des supercalculateurs universitaires pour fournir d’importants moyens de calcul à des équipes de chercheurs. Il s’appuie également sur une équipe dédiée de spécialistes assistant les universitaires dans les travaux de portage et de modélisation des algorithmes de calcul, ainsi que sur des experts mis à disposition par chaque partenaire du projet.
Deux premiers projets révélés
Coordonnée par les chercheurs Olivier Poch et Gilbert Deléage, l’une des premières initiatives présentées a pour objectif d’améliorer la compréhension des mécanismes qui contrôlent la fonction des protéines. Elle vise notamment à mettre au point une grille d’analyse descriptive des protéines avec des mutations connues et à élaborer un outil prédictif pour faciliter la compréhension de ces mutations dans les maladies humaines. Techniquement, ce projet sappuie sur une base de données relationnelle mise à jour automatiquement (MS2PH-db) contenant des données sur 1036 protéines impliquées dans des pathologies génétiques humaines. Il utilise également un serveur Web, dénommé MAGOS, permettant d’effectuer des recherches approfondies dans « les séquences/structures homologues à une protéine cible impliquée dans une pathologie humaine ».
Un second projet dévoilé est coordonné par Christophe Pouzat, un autre chercheur de l’université René Descartes. Il vise à faciliter la détection des dysfonctionnements éventuels des neurones dans le cerveau ou des motoneurones qui commandent les fibres musculaires dans les muscles.
(1) La génomique est l’analyse physiologique et moléculaire du matériel héréditaire des organismes vivants.
(2) La protéomique est l’étude du protéome, ensemble des protéines constituant un compartiment cellulaire, un tissu, une cellule ou un organisme vivant.