Little Big Mac : un cluster contre le cancer

Le Canceropole Grand Ouest – le pôle de cancérologie de Bretagne, Pays-de-la-Loire, Centre, Poitou-Charentes – peut être fier : il dispose du premier cluster important de PowerMac G5 en France (voir édition du 4 décembre 2003). Arrivée la semaine dernière dans le pôle de biophysique et cancérologie de l’unité Inserm 463 de Nantes, la machine est en cours d’installation. Manuel Bardiès, le physicien chargé d’administrer ce cluster, nous a détaillé les enjeux de son utilisation.

Vnunet : Votre cluster est considéré comme la première solution de ce type en France. Pourquoi avoir choisi le Mac ?

Manuel Bardiès : Les gens d’Apple semblent en effet assez fiers. Si nous avons opté pour le G5, c’est tout simplement parce que c’est une bête de travail ! J’ai besoin de puissance de calcul importante pour simuler des particules indépendantes et l’utilisation de ce cluster me permet d’être beaucoup plus rapide. Pour donner un exemple, si je travaille sur un milliard de particules, le fait d’avoir quinze machines plutôt qu’une seule va évidemment me permettre d’obtenir des résultats beaucoup plus rapidement. Pourquoi des Mac ? Parce que nous étions déjà équipés de Mac.

Vnunet : Utilisez-vous des logiciels typiquement Mac pour vos travaux ?

Manuel Bardiès : Non, nous utilisons des logiciels de simulation issus du monde Unix ou Linux, lancés sans interface graphique, à la ligne de commande. Pour les représentations graphiques, nous utilisons X11/Xwindows. En revanche, les logiciels que nous utilisons ont déjà été compilés pour le PowerMac G4 et normalement, ceux qui tournent déjà sur G4 tourneront sur G5. Il va nous falloir par contre en optimiser le code pour bénéficier des apports du G5 car, pour le moment, nous ne gagnons que sur la fréquence d’horloge en passant d’un G4 à u G5. Pas sur la puissance de traitement.

Vnunet : Votre cluster est-il opérationnel ?

Manuel Bardiès : Non. Apple doit encore me former à l’utilisation de Mac OS X Serveur.

Vnunet : Quelles sont les différences entre votre machine et celle mise en place par l’université américaine de Virginie ?

Manuel Bardiès : Le parallèle avec le cluster de l’université de Virginie (voir édition du 5 septembre 2003) n’est pas pertinent. La taille de leur cluster, plus de 1 000 machines, va leur permettre de le mettre au service de toute l’université. Il y aura vraisemblablement plusieurs programmes qui tourneront en parallèle. Pour moi, les quinze G5 vont traiter un seul programme. Un exemple : j’ai une collègue qui travaille à Paris sur les mêmes recherches que moi. Avec son PC Pentium à 3 GHz, elle met 32 jours à réaliser un calcul en recherche. Avec ce cluster, je devrais pouvoir faire la même chose en une journée.

Vnunet : Concrètement, en quoi cette solution va-t-elle vous aider ?

Manuel Bardiès : Je cherche à amener des anticorps radioactifs à la portée

des cellules cancéreuses. Les calculs des PowerMac G5 vont servir à doser

plus précisément les radiations à faire parvenir sur la tumeur. C’est ce

qu’on appelle communément la dosimétrie. Le problème aujourd’hui est que les

radiations envoyées ne sont pas dosées assez précisément. Pour améliorer les

résultats, il faut une très grosse puissance de calcul. Ce sera le rôle du

cluster. Les PowerMac G5 peuvent se charger en outre d’analyser les images

des patients et d’y détecter les anticorps radioactifs qui signalent la

présence de cellules cancéreuses dans les tissus.

Vnunet : Quand les retombées dans le domaine médical auront-elles lieu ?

Manuel Bardiès : En tant que physicien, je suis déjà au service des médecins. J’ai une dizaine d’années de recherche sur le sujet et j’aide déjà les praticiens sur le Canceropole Grand Ouest. Je vais pouvoir aller plus loin avec ces machines. L’utilisation du cluster de G5 va me permettre d’aborder des problèmes impossibles à traiter jusqu’alors, faute de puissance de calcul. J’espère pouvoir mettre en application mes recherches sur des patients dès l’automne prochain.