La bibliothèque de fragments équilibrés Diamond-SGC-iNEXT soutient
l’élaboration rapide de fragments pour le développement de sondes
chimiques et de médicaments
KIEV, Ukraine & OXFORD, Angleterre–(BUSINESS WIRE)–Diamond Light Source (Diamond) et le Structural Genomic Consortium (SGC)
Oxford, ont annoncé aujourd’hui qu’Enamine, une société chimique et un
producteur d’éléments chimiques novateurs et de bibliothèques de
criblage, deviendra un fournisseur clef de bibliothèques de fragments
équilibrés et d’analogues pour son site XChem. Enamine fournira une
nouvelle génération de la bibliothèque à succès -la bibliothèque de
fragments équilibrés Diamond-SGC-iNEXT (DSI)- pour permettre des
découvertes rapides et productives basées sur des fragments.
Diamond, en collaboration avec le SGC Oxford, a mis sur pied le site
XChem pour le criblage fragmentaire par cristallographie aux rayons X
afin d’assurer l’accès public à des découvertes basées sur des fragments
efficaces. En outre, pour permettre un développement rapide et
productif, cette collaboration a élaboré le concept de « fragments
équilibrés » (Cox
et al., Chemical Science, 2016), qui constitue l’axe principal de sa
stratégie de criblage. La découverte basée sur des fragments est une
approche commune dans les cercles universitaires et industriels pour le
développement de nouvelles sondes chimiques et de nouveaux points de
départ médicamenteux (ou repères) à partir d’une preuve initiale
insuffisante (ou résultats fragmentaires). Ces résultats doivent être
altérés chimiquement pour améliorer leur force de liaison à la protéine
cible, entre autres propriétés.
La bibliothèque de fragments équilibrés DSI comprend 768 fragments
hautement solubles. Chaque composé est accompagné de son propre espace
chimique virtuel, qui est directement accessible pour une synthèse et
disponible à l’achat par l’intermédiaire d’Enamine. Tout résultat obtenu
à partir de cette bibliothèque peut être développé par une chimie de
suivi dans un délai maximal de trois semaines d’utilisation de la base
de données REAL d’Enamine.
Prof Frank von Delft, chef de la collaboration XChem et scientifique
principal des lignes de faisceaux au Diamond Light Source, explique: « Le
site XChem a déjà aidé plus de 60 utilisateurs à trouver des milliers de
résultats avec plus de 80 cibles. Pour relever le défi suivant,
c’est-à-dire une élaboration chimique généralement coûteuse et
chronophage, nous avons mis au point et publié l’approche de fragments
équilibrés. Ces fragments peuvent être synthétisés en une seule étape à
partir de matériaux initiaux disponibles dans le commerce à l’aide de
réactions stables et à haut rendement, de manière à ce que les
bibliothèques d’analogues puissent être synthétisées rapidement et à
moindre coût. Associée à des méthodes biophysiques hautement
performantes, comme le criblage XChem, mais aussi la RMN ou la RPS,
cette approche devrait fournir un moyen rentable pour élaborer des
recherches préliminaires basées sur les fragments. »
Le Dr Anthony Bradley, chef de projet sur le développement
fragmentaire au SGC Oxford, ajoute: « Nous avons rapidement
découvert que pour tirer parti de cette approche, nous avions besoin de
traiter urgemment la question de l’approvisionnement du composé. Nous
sommes donc ravis de travailler avec Enamine à la concrétisation de la
bibliothèque de fragments équilibrés DSI, qui bénéfice pleinement de
l’important stock d’éléments chimiques, des capacités et des solutions
éprouvées d’Enamine. Cela permet de placer la bibliothèque primaire et
la série analogue de suivi dans les limites budgétaires et dans les
délais d’initiatives similaires de découverte de composés à l’échelle
mondiale. Le SGC Oxford utilisera de manière soutenue ces ressources au
cours de ses nombreux projets, actuels et futurs, de développement de
composés. »
Michael Bossert, responsable des alliances stratégiques chez Enamine,
déclare: « Le degré technologique élevé de spécialisation de Diamond
et son site XChem unique en son genre, ont joué un rôle clef dans cette
collaboration. Il est important de travailler avec des sociétés hi-tech
afin de créer des produits à haute valeur technologique ajoutée visant à
optimiser les efficiences de R&D de nos clients et la réussite de leurs
projets de découverte. »
Le professeur Paul Brennan, chercheur principal en chimie médicale au
SGC Oxford, et auteur principal de la première publication,
poursuit: « Il est extrêmement gratifiant de voir que notre
bibliothèque de fragments équilibrés Diamond-SGC d’origine et notre
approche de fragments équilibrés prennent une envergure commerciale.
Nous espérons que cela lui permettra de devenir un outil essentiel dans
l’accélération du développement de sondes et de médicaments à petites
molécules. »
La bibliothèque sera mise à disposition d’un groupe non exclusif de neuf
instituts de recherche effectuant des criblages par rayons X et RMN,
situés en Europe, aux États-Unis et en Chine. Les instituts européens
incluent les partenaires de l’initiative de criblage fragmentaire iNEXT:
Diamond, EMBL et ESRF (Grenoble), NKI (Amsterdam), BMRZ (Francfort), FMP
(Berlin) et CIRMMP (Florence). Les scientifiques souhaitant utiliser la
bibliothèque pour leurs propres recherches sont invités à le faire.
Pour de plus amples renseignements sur la bibliothèque de fragments
équilibrés DSI: https://xchem.github.io/oxxchem/DSI_poised_fragment_library.xlsx
FIN
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